Les premières références à l'utilisation de drapeaux par les ancêtres tadjiks sont conservées dans l'Avesta. Par exemple, dans le premier chapitre du Rig Veda, la Bactriane est caractérisée comme "belle, avec des drapeaux hissés haut". Certains chercheurs suggèrent que les drapeaux mentionnés dans l'Avesta sont similaires aux célèbres "drapeaux de Cavian" des époques ultérieures ou au "vexillum" romain antique - des drapeaux carrés suspendus à une barre horizontale attachée à une lance, comme les bannières d'église modernes.
La République socialiste soviétique autonome du Tadjikistan a été créée le 14 octobre 1924. Selon la résolution du présidium du comité exécutif central de l'ASSR tadjike du 23 février 1929, le drapeau national était un tissu rouge avec l'emblème de l'État dans le coin supérieur gauche, composé d'une dosa (faucille tadjike) et d'un marteau dorés placés en croix, les bras baissés, sur une étoile à cinq branches, sur laquelle le soleil se lève dans le ciel bleu, derrière des montagnes enneigées. L'étoile est entourée d'une couronne d'épis de blé à droite et d'une branche de coton à gauche, sur fond orange. La couronne est nouée à la base par un ruban rouge.
Sous l'étoile figure une inscription en russe : "Prolétaires de tous les pays, unissez-vous ! Au-dessus de l'étoile figure le même slogan en persan : "پرالتارهای همۀ جهان یک شوید". Toutes les inscriptions sont disposées en demi-cercle sur un ruban doré en forme de croissant.

De 1931 à 1946, le drapeau avait un dessin similaire et différait peu. Avec l'unification de la République du Tadjikistan et l'adoption de la nouvelle Constitution le 25 février 1931, son drapeau était un tissu rouge avec l'inscription "ÇSS Toçikiston". Plus tard, un marteau et une faucille ont été ajoutés à l'inscription, et plus tard, l'inscription a été remplacée par le tadjik "RSS Toçikiston" et le russe "Tadjik SSR".
De 1953 à 1991, le drapeau a changé d'aspect. Il est désormais divisé en deux parties : la partie supérieure est rouge, surmontée d'un marteau, d'une faucille et d'une étoile, et la partie inférieure comporte deux bandes blanche et verte, la bande blanche étant deux fois plus large que la verte. La couleur blanche symbolise la culture du coton et la couleur verte les autres produits agricoles.
En 1991, tous les symboles ont été retirés du drapeau, ne laissant que la composition des couleurs, changeant le ton du rouge en clair. Enfin, le 24 novembre 1992, le drapeau a acquis son aspect moderne : un tricolore rouge, blanc et vert avec une couronne dorée et sept étoiles au milieu.