Le Timor oriental n'a pas eu de drapeau national avant d'être incorporé à l'Empire portugais. Un drapeau similaire au drapeau actuel a été utilisé pour la première fois en 1702. Une proposition visant à adopter une version modifiée du drapeau portugais comme symbole du Timor oriental a été faite en 1965, mais n'a pas été acceptée par le Portugal. Bien que le pays ait déclaré son indépendance en 1975, son drapeau n'a flotté que pendant une courte période, lorsque les troupes indonésiennes ont envahi le pays.

De 1976 à 1999, lorsque le Timor oriental faisait partie de l'Indonésie, le drapeau rouge et blanc de l'Indonésie était utilisé. Lors du congrès constitutif de 1998, un nouveau drapeau de résistance à l'occupation indonésienne a été proposé - le CNRT (Conseil national de la résistance du Timor oriental), après quoi le drapeau des Nations unies a flotté sur le pays. Ce drapeau est devenu un symbole temporaire du pays et, en 2002, il a été décidé de revenir au drapeau utilisé en 1975. Le 19 mai 2002, le drapeau de l'ONU a été remplacé par le drapeau du Timor oriental.