Pendant plusieurs siècles, Chypre a fait partie de l'Empire ottoman et était représentée par le drapeau turc. En 1878, le Royaume-Uni a pris le contrôle administratif de l'île. Par la suite, le drapeau colonial britannique a flotté sur l'île, composé du drapeau bleu britannique et de l'Union Jack dans le canton (partie supérieure gauche du drapeau) et d'une paire de deux lions royaux rouges sur les armoiries. Les Chypriotes grecs et les Turcs vivant sur l'île utilisaient les drapeaux de la Grèce et de la Turquie comme drapeaux nationaux.

Après la déclaration d'indépendance de Chypre vis-à-vis de la Grande-Bretagne, un concours a été organisé pour choisir le dessin du drapeau. Il a été décidé que le drapeau ne devait pas utiliser la couleur rouge, car elle est associée à la Turquie, et que le bleu ne pouvait pas être utilisé, car il est associé à la Grèce. L'archevêque Makarios, premier président de Chypre, et Fazil Kucuk, vice-président, ont accepté le drapeau de M. Güney. Le drapeau a commencé à être utilisé le 16 août 1960, conformément aux accords de Zurich et de Londres qui ont proclamé l'indépendance de Chypre. Ismet Güney est décédé à l'âge de 77 ans en 2009, après avoir perdu sa bataille contre le cancer. Il est important de noter qu'en 2006, Ismet Güney a demandé au gouvernement de lui verser une redevance pour son dessin, ainsi qu'une compensation pour l'utilisation de ses droits d'auteur. Selon Ismet, Makarios lui avait promis 20 livres chypriotes par an pour gagner le concours du drapeau, mais ne l'a jamais payé. En avril 2006, le dessin du drapeau a été mis à jour, la forme des branches d'olivier et leur couleur ayant été légèrement modifiées.
De nombreux navires dans le monde battent pavillon chypriote, car la flotte chypriote est la troisième plus importante de l'Union européenne (16 % de la flotte totale des 25 États membres de l'UE). La capacité de la flotte européenne a augmenté depuis l'adhésion de Chypre à l'UE.