Le drapeau du Panama a été adopté le 25 mars 1925. Il s'agit d'un champ divisé en quatre parties, dont le coin supérieur gauche et le coin inférieur droit sont blancs avec une étoile à cinq branches de couleurs bleue et rouge, respectivement, et le coin supérieur droit et le coin inférieur gauche sont rouges et bleus, respectivement.
Les étoiles et les quartiers sont censés représenter les partis politiques concurrents, et la couleur blanche est censée représenter la paix dans laquelle ils opèrent.
Le drapeau présidentiel panaméen comporte en outre les armoiries du Panama en son centre.
Les armoiries du Panama se composent de plusieurs éléments, chacun ayant sa propre signification. Le centre de l'écu représente un isthme avec la mer et le ciel, et le soleil se cache derrière une montagne, symbolisant l'heure de l'indépendance. La partie supérieure est divisée en deux quartiers : le gauche est représenté par un champ d'argent avec une épée et un canon, qui signifient le rejet des guerres civiles, et le droit est représenté par un champ rouge avec une pelle croisée et une houe, qui symbolise le travail. La partie inférieure des armoiries est divisée en deux, la moitié gauche étant représentée par un champ bleu et une corne d'abondance, et la moitié droite par une roue ailée symbolisant le progrès. Derrière l'écu se trouve un aigle aux ailes déployées, symbolisant la souveraineté et tenant un ruban avec l'inscription "Pro Mundi Beneficio". Sur l'aigle, dix étoiles d'or représentent les provinces de la République : Bocas del Toro, Chiriqui, Cole, Colon, Darien, Herrera, Los Santos, Panama, Panama occidental, Veraguas. Les drapeaux nationaux sont également représentés sur les côtés des armoiries en tant qu'accessoires décoratifs.
L'histoire du drapeau panaméen remonte à l'époque de la colonisation européenne, lorsque l'Espagne contrôlait le territoire. Le drapeau officiel du pays était alors celui de l'Espagne : deux bandes horizontales rouges sur les bords, une bande jaune deux fois plus large et les armoiries au centre. Même lorsque le Panama a été rattaché à une autre vice-royauté, le drapeau n'a pas changé. Cependant, lorsque des mouvements d'indépendance sont apparus en Amérique du Sud, les Panaméens ont créé leurs propres drapeaux pour refléter leur identité.
La Grande Colombie a été créée en 1819 et, après sa ratification par tous les États membres en 1821, elle est devenue un État souverain. Elle est composée de la Colombie, du Panama, du Venezuela et de l'Équateur. Cependant, l'existence de la Grande Colombie n'a duré que neuf ans et son drapeau était un tricolore horizontal jaune, bleu et rouge avec les armoiries de la Grande Colombie au centre. Après l'effondrement de la Grande Colombie, les États membres sont redevenus indépendants. Le Panama a été rattaché à la Colombie à la suite de la division. La Colombie, le Venezuela et l'Équateur ont conservé le même dessin du drapeau de la Grande Colombie. On retrouve ce dessin sur les drapeaux modernes de ces pays. Bien que le Panama ait ses propres différences dans son drapeau national, il utilise également les couleurs rouge et bleu qui étaient présentes sur le drapeau de la Grande Colombie.
Après l'éclatement de la Grande Colombie, les provinces ont été divisées de différentes manières. Le Panama et d'autres provinces colombiennes ont été intégrés à la République de Nouvelle-Grenade. Le drapeau de la Nouvelle-Grenade se composait de trois bandes verticales rouges, bleues et jaunes dans l'ordre approprié. Le Panama est resté dans cette confédération jusqu'en 1858, date à laquelle la confédération s'est effondrée et la période fédéraliste a commencé. En 1863, le pays a été rebaptisé États-Unis de Colombie, où chaque région a commencé à fonctionner de manière indépendante. Le drapeau des États-Unis de Colombie a été utilisé de 1863 à 1886 et se composait de trois bandes horizontales : jaune, bleue et rouge dans l'ordre correspondant, la bande jaune étant deux fois plus large que les autres. Après la centralisation de la République de Nouvelle-Grenade en 1863, il a été décidé de diviser la Colombie en États fédéraux.
La Colombie et le Panama avaient des drapeaux différents pendant la période fédérale. La Colombie n'avait aucune différence avec le drapeau des États-Unis de Colombie et a continué à l'utiliser jusqu'en 1903, tandis que le Panama avait un drapeau différent avec les armoiries et l'inscription "État souverain du Panama". Après avoir obtenu son indépendance en 1903, le Panama a changé de drapeau.
Le drapeau panaméen s'inspire du drapeau américain, mais reprend les couleurs du drapeau colombien. Il comportait des bandes rouges et jaunes symbolisant l'Espagne et un soleil représentant la position du Panama sur le continent. Toutefois, ce dessin n'est pas devenu officiel. En 1903, le drapeau panaméen moderne a été créé, mais avec un carré bleu dans le coin supérieur gauche, qui est une version inversée du drapeau actuel. Manuel Amador Guerrero, l'un des principaux partisans de l'indépendance du Panama, est à l'origine de la création du drapeau. Il a demandé à son fils de créer un nouveau prototype après le rejet du premier dessin.
Le fils a créé le drapeau du Panama qui est utilisé aujourd'hui. Il a basé la forme du drapeau sur le statut politique du Panama et a utilisé le blanc comme symbole de paix. Le drapeau a été officiellement hissé le 3 novembre 1903, après l'accession du Panama à l'indépendance. Ce jour est officiellement célébré comme le jour de la séparation du Panama de la Colombie. Pour s'assurer que le carré blanc avec une étoile bleue soit hissé en premier sur la hampe, il a été décidé de retourner le drapeau. Amador Guerrero proposa ce changement au Congrès panaméen. En 1903, le drapeau a commencé à être utilisé officiellement, mais l'approbation légale de ce changement n'a été reçue qu'en 1925. Au cours des 100 dernières années, le drapeau panaméen est resté inchangé.
