Dans la préhistoire du Paraguay, les indigènes utilisaient divers éléments tels que des plumes, des bois de cerf et d'autres éléments pour identifier leur tribu. Lors de l'émancipation politique en 1811, un drapeau bleu avec une étoile blanche à six branches, différent du drapeau espagnol et symbolisant l'indépendance du pays, a été hissé. Ce drapeau a été utilisé pendant toute la période d'émancipation et est devenu le précurseur du premier emblème national du Paraguay.
Lors du Congrès général du Paraguay, qui s'est tenu en 1811, un drapeau composé de trois bandes horizontales a été hissé : le bleu, le rouge et le jaune, couleurs du drapeau espagnol. Il fut utilisé de 1811 à 1812.

Le premier drapeau de la République du Paraguay était rouge, blanc et bleu, sans les armoiries royales. Il fut hissé le 15 août 1812 et utilisé jusqu'en 1826 environ, date à laquelle il fut remplacé par un nouveau drapeau.

En 1826, le Dr Gaspar Rodriguez de Francia a introduit par décret spécial un drapeau bleu avec une étoile blanche à six branches. Cependant, jusqu'en 1840, ce drapeau a été utilisé avec un autre drapeau tricolore, car de nombreuses garnisons n'avaient pas de drapeau propre. Par la suite, en 1842, un décret a été publié sur un seul drapeau tricolore, qui n'autorisait pas le déploiement d'autres drapeaux. Depuis lors, le drapeau tricolore n'a pas changé et est toujours utilisé sous cette forme. Les seuls changements concernent les proportions du drapeau et les armoiries, qui ont été placées sur la bande blanche centrale.