L'époque précoloniale. Bien avant l'arrivée des Européens, le territoire de l'actuel Burkina Faso abritait de puissants royaumes mossi — notamment Ouagadougou, Yatenga, Tenkodogo et Fada N'Gourma — apparus aux alentours des XIᵉ–XVᵉ siècles. Ces entités n'utilisaient pas de drapeaux au sens européen : l'autorité royale s'exprimait par l'institution du Mogho Naaba (empereur des Mossi), par les insignes de cour, les tambours et les lances cérémonielles. Aux côtés des Mossi vivaient les Gourounsi, les Bobo, les Lobi, les Sénoufo, les Peuls et les Touaregs, chacun disposant de ses propres symboles politiques.
La colonisation française (1896–1958). Les troupes françaises s'emparèrent de la capitale mossi, Ouagadougou, en 1896, et le territoire fut progressivement intégré à l'Afrique-Occidentale française. En 1919 fut créée la colonie de la Haute-Volta, ainsi nommée d'après les trois rivières — la Volta Noire, la Volta Blanche et la Volta Rouge — qui traversent le pays. En 1932, la colonie fut dissoute et partagée entre la Côte d'Ivoire, le Soudan français (actuel Mali) et le Niger, avant d'être reconstituée en 1947 grâce à un intense plaidoyer mené par les chefs mossi sous l'égide du Mogho Naaba. Tout au long de cette période, le territoire fut exclusivement représenté par le drapeau tricolore français.
La République de Haute-Volta et le premier drapeau (1958–1984). Le 11 décembre 1958, la Haute-Volta devint une république autonome au sein de la Communauté française, et le 5 août 1960, elle accéda à la pleine indépendance sous la présidence de Maurice Yaméogo. Le premier drapeau national, adopté en 1959, était un tricolore horizontal noir, blanc et rouge — des couleurs renvoyant directement aux trois Volta (Noire, Blanche et Rouge). Ce drapeau flotta sur la Haute-Volta pendant près de vingt-cinq années troublées, marquées par plusieurs coups d'État : Yaméogo fut renversé par Sangoulé Lamizana en 1966, lui-même destitué par Saye Zerbo en 1980, puis remplacé par Jean-Baptiste Ouédraogo en 1982.
La révolution sankariste et le nouveau drapeau (1983–1984). Le 4 août 1983, un groupe de jeunes officiers de gauche dirigé par le capitaine Thomas Sankara prit le pouvoir et proclama le Conseil national de la Révolution (CNR). Sankara, alors âgé de 33 ans, lança l'un des programmes de transformation les plus radicaux de l'histoire africaine : campagnes massives de vaccination, vastes opérations de reboisement contre la désertification, réformes en faveur des droits des femmes et profond renouvellement culturel de l'État. Le 4 août 1984, pour le premier anniversaire de la révolution, le pays fut officiellement rebaptisé de Haute-Volta en Burkina Faso — un nom hybride combinant le mooré (burkina : « intègre, honnête ») et le dioula (faso : « patrie »), signifiant « la patrie des hommes intègres ». Le même jour, l'ancien drapeau noir-blanc-rouge fut remplacé par l'actuel motif rouge-vert orné de l'étoile jaune, et un nouvel hymne national, « Ditanyè » (également appelé « Une seule nuit »), fut adopté.
Après Sankara (1987 à nos jours). Thomas Sankara fut assassiné le 15 octobre 1987 lors d'un coup d'État mené par son compagnon d'armes Blaise Compaoré, qui dirigea le pays pendant les vingt-sept années suivantes, jusqu'à son éviction par un soulèvement populaire en octobre 2014. Malgré ce spectaculaire renversement politique — Compaoré démantela la quasi-totalité des réformes de Sankara — le drapeau, le nom du pays et l'hymne furent tous conservés, témoignant à quel point les symboles de 1984 s'étaient profondément ancrés dans l'identité nationale. Depuis 2022, le Burkina Faso a connu deux nouveaux coups d'État militaires qui ont porté au pouvoir le capitaine Ibrahim Traoré ; celui-ci revendique ouvertement l'héritage de Sankara, et le drapeau de 1984 demeure l'emblème visuel central du pays.
