Période précoloniale. Depuis le IXe siècle, de grands empires musulmans existaient sur le territoire de l'actuel Tchad — le Kanem, puis le Kanem-Bornou, ainsi que les sultanats du Baguirmi et du Ouaddaï. Ces États utilisaient leurs propres drapeaux et étendards — principalement des bannières vertes, blanches et noires avec des calligraphies arabes, typiques des sultanats islamiques de la région du Sahel. Le drapeau actuel du Tchad n'a hérité d'aucun élément visuel de ces drapeaux historiques.
Époque coloniale (1900–1958). Les Français ont commencé à pénétrer dans la région dans les années 1890. En 1900, après la bataille de Kousséri, où les troupes françaises ont vaincu l'armée du marchand d'esclaves Rabih az-Zubayr, le territoire est passé sous contrôle militaire français. En 1920, le Tchad est officiellement devenu une colonie au sein de l'Afrique-Équatoriale française. Tout au long de la période coloniale, seul le tricolore français a été utilisé sur le territoire — la colonie n'avait pas de drapeau distinct.
Un chapitre à part est la Seconde Guerre mondiale. En août 1940, le Tchad, sous le gouverneur Félix Éboué (premier gouverneur noir d'une colonie française), est devenu le premier territoire à rejoindre la « France libre » de Charles de Gaulle. C'est du Tchad que la colonne du colonel Leclerc est partie pour son raid historique à travers le Sahara jusqu'en Libye. Cette époque a renforcé les liens franco-tchadiens qui se sont reflétés plus tard dans le choix des couleurs du drapeau national.
Autonomie et naissance du drapeau (1958–1959). Le 28 novembre 1958, le Tchad a obtenu le statut de république autonome au sein de la Communauté française. La question de son propre drapeau s'est posée. La première version, proposée en 1958, reprenait la palette panafricaine du Ghana — vert, jaune et rouge — avec une disposition verticale des bandes. Cependant, il s'est avéré que ce design était presque identique au drapeau récemment adopté du Mali (alors République soudanaise).
C'est pourquoi, en 1959, l'Assemblée constituante provisoire du Tchad, sous la direction du premier Premier ministre François Tombalbaye, a pris la décision de compromis : remplacer le vert par le bleu (indigo). Ainsi est née une combinaison unique — bleu-jaune-rouge — qui rendait simultanément hommage à la tradition métropolitaine française (bleu et rouge du tricolore) et au mouvement panafricain (jaune et rouge). Le drapeau a été officiellement approuvé le 6 novembre 1959.

Indépendance et utilisation ultérieure (1960 – à nos jours). Le 11 août 1960, le Tchad a proclamé son indépendance et le drapeau de 1959 est automatiquement devenu le symbole d'État de la nouvelle république. Contrairement à de nombreux pays africains qui ont changé à plusieurs reprises leur drapeau après l'indépendance en raison de coups d'État, de révolutions ou de changements idéologiques, le Tchad a conservé son drapeau inchangé pendant plus de 65 ans — malgré les guerres civiles de 1965–1979 et 2005–2010, de nombreux coups d'État et changements de régime.
L'incident diplomatique de 2004. Jusqu'en 1989, le drapeau roumain portait des armoiries d'État au centre de la bande jaune, ce qui le distinguait clairement du drapeau tchadien. Après la Révolution roumaine de 1989, les armoiries ont été retirées — et les deux drapeaux sont devenus pratiquement identiques. En avril 2004, alors que la Roumanie se préparait à rejoindre l'OTAN, le président tchadien Idriss Déby a saisi l'ONU pour examiner la situation. Bucarest a répondu que le tricolore roumain a une histoire remontant à 1848 et qu'il n'y aurait pas de renoncement. La question a été discrètement étouffée, et les deux pays continuent d'utiliser des drapeaux presque identiques — un cas rare dans la pratique internationale.
Aujourd'hui. Le drapeau du Tchad reste l'un des symboles les plus stables du pays. Il est utilisé sur tous les bâtiments gouvernementaux, dans les ambassades, sur les uniformes militaires et lors des événements sportifs nationaux. Malgré les turbulences politiques des dernières décennies — y compris la mort du président Idriss Déby en 2021 et le transfert du pouvoir à son fils Mahamat — le design du drapeau n'a jamais été remis en question.