Le drapeau de l'Afghanistan a subi de nombreuses modifications au fil du temps. Au XIXe siècle, le drapeau de l'Afghanistan était un drapeau noir uni. Au début du XXe siècle, l'emblème national a été ajouté au drapeau.

Le drapeau noir, repris du drapeau d'Abu Muslim lors du soulèvement de Khorasani, a été utilisé comme couleur de fond du drapeau afghan jusqu'en 1928. Depuis 1928, date à laquelle le Royaume d'Afghanistan a commencé à exister, le roi Amanullah Khan a approuvé le drapeau tricolore de l'Afghanistan, noir, rouge et vert, sur lequel figure l'emblème national. Les armoiries représentent un soleil doré s'élevant à travers des montagnes enneigées, marquant ainsi le début du royaume afghan. Le symbole d'un soleil jaune sur fond rouge figure aujourd'hui sur le drapeau actuel de la Macédoine du Nord. Ce drapeau tricolore de l'Afghanistan n'a été utilisé que pendant deux ans, entre 1928 et 1929.
Ensuite, pendant deux ans également, de 1978 à 1980, lorsque la République démocratique d'Afghanistan est arrivée au pouvoir, c'est le drapeau rouge de l'Afghanistan avec un symbole jaune dans le coin supérieur gauche du drapeau qui a été utilisé. Le mot « Khalk » était inscrit sur le drapeau, symbole du Parti démocratique populaire d'Afghanistan et signifiant « Peuple ».
En 1996, lorsque le gouvernement taliban est arrivé au pouvoir en Afghanistan, le pays a été rebaptisé Émirat islamique d'Afghanistan, et le drapeau de l'Afghanistan est devenu blanc, avec l'inscription La ilaha ila Allah Muhammad Rasulullah, qui fait référence au principe fondamental de la foi islamique : « Il n'y a pas d'autre Dieu qu'Allah » : « Il n'y a pas d'autre Dieu qu'Allah ».
Le drapeau noir, rouge et vert de l'Afghanistan a été approuvé en 2004. Ce drapeau est toujours utilisé au niveau international, ce qui témoigne de sa reconnaissance en tant que République islamique, malgré le règne des talibans depuis 2021 et l'utilisation du drapeau taliban en Afghanistan, qui avait le statut de drapeau national de 1996 à 2001.