Selon les livres d'histoire, le plus ancien drapeau jamais créé pour le Royaume de Bahreïn n'était que rouge. Au XIXe siècle, à la suite d'un accord avec la Grande-Bretagne, le blanc a été ajouté à la couleur du drapeau, mais sans l'emplacement des triangles.

En 1932, le gouvernement a ajouté une bande blanche festonnée pour distinguer le drapeau des drapeaux de Dubaï, d'Ajman et de l'ancien drapeau d'Abu Dhabi. Au cours de cette période, le nombre de triangles était de 28. En 1972, il a été ramené à huit, en référence au nombre de guerres qui ont eu lieu entre le Royaume de Bahreïn et ses pays voisins. Le 17 février 2002, le drapeau du Royaume de Bahreïn a été modifié pour prendre la forme qu'il a aujourd'hui, avec seulement cinq triangles entre les deux couleurs, symbolisant le nombre de piliers de la religion islamique.