La première mention du drapeau Hinomaru remonte à 701. La légende veut que le prêtre bouddhiste Nichiren ait donné au shogun (la plus haute fonction militaire) un drapeau représentant le soleil pour qu'il l'emporte avec lui lors de l'invasion mongole au XIIIe siècle. Le hinomaru est devenu un symbole national et a été utilisé lors de la bataille de Nagashino en 1575. Le plus ancien drapeau du Japon, datant au moins du XVIe siècle, est conservé au temple Unpo-ji comme trésor familial du clan Takeda.
En 1854, les navires japonais ont reçu l'ordre d'arborer le hinomaru pour se distinguer des navires étrangers. Par la suite, en 1870, le hinomaru a été proclamé drapeau commercial du Japon et premier drapeau national du pays de 1870 à 1885. Bien que l'idée d'un symbole national ait semblé étrange à de nombreux Japonais, le gouvernement l'a jugé nécessaire pour interagir avec d'autres pays. Après le débarquement du Commodore Perry en 1853, il a été décidé d'introduire des marques d'identification plus répandues, notamment le drapeau national, l'hymne et le sceau impérial. La législation qui faisait de l'Hinomaru le drapeau national a été abrogée en 1885.
L'utilisation de l'Hinomaru s'est développée au Japon au cours de sa quête d'empire. Après les premières victoires dans la guerre contre la Chine, le Hinomaru est réapparu dans les célébrations et les défilés. Dans les manuels scolaires de l'époque, le drapeau était représenté avec divers slogans exprimant la loyauté envers l'empereur et le pays.
Le drapeau Hinomaru a été le drapeau du Japon pendant la Seconde Guerre mondiale et pendant l'occupation du pays. À l'époque, il fallait obtenir l'autorisation des forces alliées pour arborer le drapeau. En mai 1947, les restrictions concernant le drapeau Hinomaru ont été levées. En 1948, le drapeau a été autorisé à flotter lors des fêtes nationales et, à partir de janvier 1949, il a été autorisé à flotter à tout moment sans autorisation. Par conséquent, les écoles et les foyers ont arboré activement le drapeau Hinomaru jusqu'au début des années 1950.
Après la Seconde Guerre mondiale, le drapeau japonais a été critiqué parce qu'il était associé au passé militariste du pays. Le drapeau Hinomaru n'a pas été utilisé au Japon après la guerre, mais plus tard, lorsque le pays a retrouvé son statut diplomatique, il a été utilisé comme arme politique à l'étranger. La question du drapeau national s'est à nouveau posée lorsque Tokyo a accueilli les Jeux olympiques d'été de 1964. La taille du disque solaire sur le drapeau et la nuance de couleur ont été modifiées. En 1989, après la mort de l'empereur Hirohito, des questions morales concernant le drapeau national ont été soulevées.
En 2000, le Premier ministre japonais Keizo Obuchi, du Parti libéral-démocrate, a proposé un projet de loi visant à faire de l'Hinomaru le symbole officiel du pays. Un projet de loi similaire avait été examiné en 1974, mais n'avait pas été adopté. L'opposition a protesté contre la loi et souhaitait que la question soit tranchée par le public. Le secrétaire général adjoint, Yukio Hatoyama, pensait que le projet de loi diviserait davantage la société et les écoles publiques, mais il a voté en sa faveur. Le projet de loi a été adopté par la Chambre des représentants le 22 juillet 1999 et par la Chambre des conseillers le 9 août.