Après avoir conquis les territoires vers 1510, les Ouzbeks ont contrôlé les régions situées au sud-est de la mer d'Aral. Pendant longtemps (de 1511 à 1740), ils ont utilisé un drapeau à fond blanc avec un croissant bleu dans le coin supérieur gauche.
En 1785, l'émirat de Boukhara est créé et devient le deuxième État des steppes au nord et à l'est de l'Ouzbékistan moderne. Le territoire de l'émirat comprenait plusieurs régions de l'Ouzbékistan moderne, du Tadjikistan et du Turkménistan. Il possédait son propre drapeau à fond vert entouré d'une bordure or et noire. Sur le fond vert figuraient une main, un croissant de lune, une étoile et des inscriptions. En 1917, le drapeau de l'émirat de Boukhara est remplacé par un drapeau noir avec un contour vert et un croissant et une étoile dorés. En 1917, l'autonomie du Turkestan est créée et dispose de son propre drapeau, rouge et bleu avec un croissant blanc et une étoile à cinq branches.

En septembre 1920, Boukhara est prise et devient la République soviétique populaire de Boukhara, avec son propre drapeau, composé de bandes vertes et rouges, d'un croissant et d'une étoile dorés, et d'un marteau et d'une faucille croisés à l'intérieur de l'étoile.
La République socialiste soviétique autonome du Turkestan est devenue la première république soviétique autonome. Le drapeau de cette république se compose d'un champ rouge avec un texte jaune dans le coin supérieur gauche. En 1921, le drapeau a été modifié par l'ajout d'une bordure blanche autour du texte.

En 1922, l'Ouzbékistan est devenu une république de l'Union des républiques socialistes soviétiques et, en 1925, les territoires réunis sont devenus la République socialiste soviétique autonome du Karakalpak et ont adopté un nouveau drapeau. Entre 1952 et 1991, le drapeau de la RSS d'Ouzbékistan est devenu rouge avec une bande bleue au milieu, encadrée par deux fines bandes blanches, et un marteau et une faucille ainsi qu'une étoile à cinq branches dans le coin supérieur gauche.

Après l'effondrement de l'Union soviétique en 1991, l'Ouzbékistan et le Karakalpakstan sont devenus des pays indépendants avec de nouveaux drapeaux. Le drapeau du Karakalpakstan se compose d'un tricolore horizontal - bleu, or et vert - avec deux bandes rouges au milieu et un croissant blanc avec cinq étoiles blanches dans le coin supérieur gauche. L'Ouzbékistan a adopté un nouveau drapeau en 1991, composé de bleu, de blanc et de vert avec des bandes rouges de part et d'autre du blanc et un croissant de lune avec 12 étoiles dans le coin supérieur gauche. Les deux drapeaux sont encore utilisés aujourd'hui.