La nécessité d'un drapeau comme symbole de l'identité nationale est apparue lors d'une réunion appelée "réunion de Noël". Elle s'est tenue en 1888 pour discuter de la protection de la culture et de la langue féroïennes. Pendant de nombreuses années, les drapeaux ont utilisé la pie de rivage ("Tjaldursmerkið") et le bélier ("Veðramerkið") comme symbole national, mais cela était sur le point de changer.
En 1919, trois étudiants féroïens de Copenhague, Jens Oliver Lisberg, Janus Ossursson et Thomas Pauli Dahl, ont créé le drapeau des îles Féroé. Ils ont décidé de dessiner un drapeau dans le style des autres drapeaux scandinaves en forme de croix, en s'inspirant des drapeaux de la Norvège et de l'Islande, qu'ils considéraient comme leurs voisins les plus proches. Ils ont également choisi le blanc comme couleur de base pour se démarquer des autres drapeaux, le drapeau norvégien ayant une nappe rouge et le drapeau islandais une nappe bleue. Quant au dessin de la croix, Jens Oliver Lisberg a estimé qu'elle devait être rouge avec un contour bleu. Le drapeau des îles Féroé, également connu sous le nom de Merkir, a été hissé pour la première fois dans le village de Famjón le 22 juin 1919, et l'original se trouve dans l'église de Famjón. Plus tard, Jens Oliver est mort d'une pneumonie et les autorités danoises ont rejeté ce symbole d'indépendance, mais les Féroïens ont continué à utiliser le drapeau étudiant "Merkið". Ce drapeau est devenu populaire sur les navires en mer. Cependant, les autorités danoises ne le reconnaissent pas comme drapeau national. Cela a conduit à des conflits entre les Féroïens et les Danois, car les premiers voulaient que le drapeau soit officiellement reconnu.
En 1930, le drapeau a commencé à être utilisé lors de cérémonies officielles et en 1931, il est devenu d'usage courant, bien qu'officieux. Les tensions entre les autorités danoises et le peuple féroïen s'en trouvent accrues. En 1931, une proposition a finalement été faite pour approuver le Merkir comme drapeau des îles Féroé, mais elle n'a pas été votée à la majorité. La reconnaissance définitive du merkir comme drapeau des îles Féroé n'a eu lieu qu'en avril 1940, lorsque les îles Féroé sont passées sous le contrôle des troupes britanniques en raison de la rupture des liens avec le Danemark et de l'occupation du Danemark par l'Allemagne. Le 25 avril 1940, la Grande-Bretagne a déclaré que le Merkir était le drapeau officiel des îles Féroé.
La loi sur l'autonomie du 23 mars 1948 a reconnu le drapeau Merkið comme le drapeau officiel des îles Féroé.
Cependant, en 1959, les îles Féroé se sont éloignées de leurs voisins du nord, en changeant la couleur bleu foncé "norvégienne" pour un bleu indépendant.