Créé en 1985, ce drapeau est relativement récent. Auparavant, le drapeau de Guernesey se composait d'une simple croix de Saint-Georges, rouge sur fond blanc. Mais cela a entraîné une certaine confusion, car le même drapeau était utilisé par l'Angleterre. Ainsi, par exemple, aux Jeux du Commonwealth, lorsque les équipes d'Angleterre et de Guernesey s'affrontaient, les autres concurrents pensaient que l'Angleterre avait deux équipes.
Guernesey a donc décidé qu'un nouveau drapeau était nécessaire. Un comité a été formé et, après mûre réflexion, il a proposé de continuer à utiliser la croix de Saint-Georges, en y ajoutant la croix d'or de Guillaume le Conquérant.

Sa Majesté la Reine a décrit le drapeau comme suit : une croix d'or superposée à une croix de Saint-Georges (qui est l'image de la croix sur l'étendard de Guillaume le Conquérant). Le nouveau drapeau a été hissé pour la première fois le 9 mai 1985, à l'occasion du 40e anniversaire de la libération de l'île de l'occupation pendant la Seconde Guerre mondiale. La croix rouge de Saint-Georges figure également sur les drapeaux d'Aurigny et de Sercq, et constitue donc un thème commun aux drapeaux utilisés dans le bailliage de Guernesey.