Si le drapeau suisse semble correspondre parfaitement aux caractéristiques d'un pays à quatre langues officielles, il n'est que le fruit d'une pure coïncidence. Le drapeau national, célèbre dans le monde entier, a connu une histoire mouvementée au cours des sept dernières décennies. Le drapeau suisse a été officiellement déclaré emblème national de la Suisse en 1848, mais il est important depuis 1339, lorsqu'une croix blanche sur fond rouge a symbolisé l'unification des Waldstätten (Uri, Schwyz, Unterwalden et Lucerne) et du canton de Berne lors de la bataille de Laupen.
Ce n'est qu'entre 1450 et 1520 que la croix suisse et le drapeau suisse sont devenus l'emblème de l'État de l'ancienne Confédération suisse. Il s'agit d'une distinction directe avec la croix de Saint-André de Bourgogne, utilisée par les mercenaires allemands.
Après la fin des guerres confédérales en 1515, les troupes mercenaires suisses combattant à l'étranger portaient également la croix suisse comme signe distinctif. Les drapeaux utilisés se distinguaient toutefois par les couleurs et les motifs utilisés aux quatre coins. Ces drapeaux contenaient souvent aussi des symboles locaux qui indiquaient l'appartenance immédiate des mercenaires.
La "croix suisse" a d'abord été utilisée en temps de guerre pour aider les soldats à se reconnaître sur le champ de bataille. Plus tard, en 1800 et 1815, Niklaus Franz von Bachmann introduisit une croix blanche sur fond rouge comme symbole de campagne pour ses troupes. Depuis 1815, le sceau fédéral (qui a été ajouté pour la première fois au traité fédéral) est constitué d'une croix blanche isocèle, verticale et flottante, entourée des armoiries cantonales du Parlement fédéral sur fond rouge.
Le premier drapeau militaire national suisse a été créé en 1840 à l'initiative de Guillaume-Henri Dufour. Quarante-neuf ans plus tard, en 1889, le Conseil fédéral a décidé que les quatre bras de la croix, de longueur égale, devaient être un sixième plus longs que larges. Pendant la République helvétique (1798-1803), Napoléon Bonaparte ordonna à la Suisse d'utiliser un drapeau tricolore vert, rouge et jaune, qui fut abandonné immédiatement après sa chute.
La loi fixe les proportions exactes de la croix blanche et la forme carrée du drapeau. Il existe néanmoins différentes formes de drapeaux, comme le drapeau de la marine marchande suisse. Créé en 1941, il est défini comme rectangulaire depuis 1953. Les athlètes des Jeux olympiques défilent également sous un drapeau rectangulaire, et les Forces aériennes suisses arborent une cocarde à croix blanche sur fond rouge.