En 1821, au début de la révolution grecque, chaque corps militaire avait son propre drapeau, car il n'y avait pas de commandement unique. Les drapeaux révolutionnaires représentaient soit la symbolique tricolore de la Société des Amis (blanc, noir et rouge) avec des images de symboles tels qu'un phénix renaissant de ses cendres ou une ancre, des drapeaux avec une croix ou un aigle, etc. De nombreux villages utilisaient également les drapeaux de leurs églises paroissiales.
En 1822, la première assemblée nationale s'est tenue à Epidaure et a adopté la "Constitution provisoire de la Grèce", la première constitution grecque. Dans cette constitution, il a été décidé que le drapeau grec serait bleu et blanc et que sa forme serait fixée par le pouvoir exécutif, c'est-à-dire le gouvernement. C'est ainsi que furent établis les principes de base de la conception du drapeau grec, qui sont toujours respectés aujourd'hui. Le 15 mars 1822, la décision 540 du pouvoir exécutif a été publiée, signée par le président du Corps, Alexandre Mavrokordatos.

En 1832, l'emblème royal a été ajouté aux drapeaux de l'armée et de la marine, mais il a été retiré avec l'abolition du règne d'Othon. Plus tard, sous le règne de Georges Ier, la couronne royale a été ajoutée aux drapeaux de l'armée et de la marine, et le drapeau de l'infanterie a reçu l'image de Saint-Georges. En 1914, un décret royal détermina la forme des drapeaux sans en modifier les caractéristiques de base. Toutefois, en 1924, les couronnes ont été retirées des drapeaux pour mettre en œuvre la résolution de la quatrième Assemblée nationale constituante d'Athènes "Sur la proclamation de la démocratie", mais elles ont été remises en place en 1935. Par la suite, la junte des colonels a retiré la couronne des drapeaux, et une nouvelle résolution en 1969 a aboli le drapeau de l'infanterie, laissant le drapeau de la marine comme drapeau officiel. En 1970, le rapport entre les drapeaux est passé de 2:3 à 7:12.
Après la restauration de la République, fin juillet 1974, une loi et un décret présidentiel ont été publiés pour décrire en détail les symboles du drapeau. Cependant, une loi ultérieure de 1978 a établi que le drapeau national devait être bleu et blanc et composé de neuf bandes horizontales, dont la première et la dernière doivent être bleues. Une croix blanche est placée dans le coin supérieur gauche sur un carré bleu. Le rapport entre la largeur et la longueur du drapeau est de 2:3.