La vice-royauté du Rio de la Plata, créée en 1776, faisait partie de la vice-royauté du Pérou, qui simplifiait la gestion des territoires dépendant de l'Espagne en Amérique du Sud. Elle n'a cependant pas duré longtemps et a été créée au début de la lutte pour l'indépendance en Amérique latine. L'Uruguay, anciennement appelé Province orientale, était l'une des provinces de la vice-royauté du Rio de la Plata et arborait le même drapeau que le drapeau officiel.
Les Espagnols sont arrivés en Uruguay dès 1516, mais les Portugais, arrivés un peu plus tard, ont joué un rôle important dans l'histoire du pays. Montevideo, capitale de la vice-royauté, a été occupée par les Britanniques pendant les guerres napoléoniennes qui ont précédé l'indépendance de l'Uruguay. Malgré la forte identité régionale des habitants de la province orientale, leur influence dans la vice-royauté était moins importante qu'à Buenos Aires.

Après la révolution de mai 1810, le gouvernement et le peuple des Provinces unies du Rio de la Plata ont formé une union de tous les États de la vice-royauté de La Plata pour devenir indépendants de la domination espagnole. Le drapeau blanc et bleu à deux bandes de l'époque a été dessiné par Manuel Belgrano et a été le prédécesseur du drapeau argentin moderne. Cependant, le Paraguay, l'Uruguay et la Bolivie ont choisi une autre voie vers l'indépendance et se sont séparés des Provinces-Unies. La Ligue fédérale, créée par José Artigas, était une confédération régionale au sein des Provinces unies du Rio de la Plata, et son drapeau officiel était le drapeau d'Artigas, avec une bande blanche au centre et trois bandes bleu-rouge-bleu au-dessus et en dessous. La Ligue comprenait le territoire de l'Uruguay actuel et d'autres petites provinces argentines. Aujourd'hui, le drapeau Artigas est le symbole national de l'Uruguay et est considéré comme le précurseur de l'indépendance de l'Uruguay par rapport aux Provinces-Unies. L'Artigas est considéré comme un symbole de l'Uruguay et comme le précurseur du fédéralisme dans les deux pays.

La province de Cisplatina, située à l'est du Brésil, a été occupée par les Portugais et les Brésiliens de 1823 à 1825. L'annexion de l'ensemble du territoire oriental au Brésil a conduit à l'indépendance de l'Uruguay, lorsque les Brésiliens se sont déclarés nation indépendante. Pendant les premières années de l'existence du Brésil en tant qu'État autonome, le territoire uruguayen était sous sa domination. Le drapeau de la province de Cisplatina se composait d'une paire de bandes vertes et blanches avec les armoiries du royaume au centre. La Résistance uruguayenne, connue sous le nom de Los Treintas et Tres Orientales, était un groupe qui luttait pour l'indépendance de l'Uruguay vis-à-vis du Portugal, du Brésil et d'Agrave. Le drapeau de la Résistance était composé de trois bandes - bleu, blanc et rouge - et de l'inscription "La liberté ou la mort". Le drapeau a été utilisé par les troupes révolutionnaires dans les batailles contre le royaume et même le Brésil.

Le 28 août 1828, la Convention préliminaire de paix a été signée, certifiant la création d'un État indépendant sur le territoire de la Banda orientale. C'est sur cette base qu'est né l'Uruguay en tant que pays indépendant, séparé de l'Argentine et du Brésil. Lors d'une réunion à Villa Guadalupe, le gouverneur intérimaire Joaquín Suárez a déclaré qu'il fallait créer son propre drapeau national, étant donné que le drapeau des provinces unies du Rio de la Plata avait été utilisé jusqu'alors. Le 16 décembre 1828, une loi a donc été adoptée pour créer le drapeau national de l'Uruguay, qui établissait que le drapeau national serait blanc avec neuf bandes bleues horizontales alternées et un carré blanc dans le coin supérieur sur le côté du mât, dans lequel le soleil serait placé. Les neuf bandes bleues représentent les départements dans lesquels le territoire de l'Uruguay était divisé à l'époque : Canelones, Cerro Largo, Colonia, Durasno, Maldonado, Montevideo, Paysandú, San José et Soriano.
Le 12 juillet 1830, le drapeau a été modifié. La signification des symboles est restée la même, mais le drapeau comporte désormais 9 bandes correspondant aux départements de l'Uruguay : Montevideo, Maldonado, Canelones, San José, Colonia, Soriano, Paysandú, Durasno et Cerro Largo.