La première apparition du drapeau n'est pas celle de l'État, mais celle du drapeau personnel du comte Josip Jelacic-Bujemski (un commandant autrichien d'origine croate). Il contenait un drapeau rouge et blanc de la Croatie et un drapeau blanc et bleu de la Slavonie, et au milieu un bouclier avec une couronne royale divisée en trois parties contenant les éléments suivants
- les armoiries de la Croatie - un champ blanc et rouge en damier ;
- les armoiries de la Slavonie - la partie supérieure bleue avec l'image d'une étoile, et entre deux lignes blanches symbolisant les rivières, l'image d'une martre sur un fond rouge ;
- les armoiries de la Dalmatie sont un bouclier bleu avec trois têtes de lion.
Ce drapeau a été hissé pour la première fois le 5 juin 1848, lors de l'intronisation de Josip Jelacic comme Ban. Depuis lors, les Croates utilisent le tricolore rouge, blanc et bleu comme symbole national. Pendant un certain temps, jusque dans les années 1860, l'utilisation du tricolore a été interdite, mais il a ensuite été officiellement adopté par l'accord de paix entre la Croatie et la Hongrie en 1868.
En 1918, la Croatie a perdu son statut d'État et, par conséquent, son drapeau officiel. À cette époque, il n'existait qu'un drapeau tricolore, sans armoiries au milieu. En 1939, les armoiries avec un échiquier sont devenues les armoiries de la fête nationale croate et un symbole unique de l'identité politique et nationale. Bien que la plupart des drapeaux de la guerre d'indépendance croate aient été ornés d'armoiries, un simple drapeau tricolore sans armoiries a également été utilisé.

De 1943 à 1945, c'est le drapeau de l'État fédéral de Croatie qui a été utilisé. Ensuite, jusqu'en 1947, un drapeau absolument identique a été utilisé, mais sous un nom différent - le drapeau de la République populaire de Croatie, et dans la troisième période, de 1947 à 1990 - le drapeau de la République socialiste de Croatie. D'une manière générale, cette période, qui s'étend de la 43e à la 90e, peut être réunie par un drapeau commun, car il était presque identique et ressemblait à un tricolore rouge, blanc et bleu, avec une étoile rouge au milieu. Ce n'est que dans la dernière version de ce drapeau que l'étoile a été agrandie et qu'un contour doré a été ajouté.
En 1990, la Croatie a repris l'ancien drapeau tricolore avec un échiquier de 25 cases rouges et blanches. Une version du nouveau drapeau de la République de Croatie a été officiellement déployée pour la première fois le 30 mai 1990 sur la place Ban Jelacic et, le 21 décembre, elle a pris son aspect actuel avec un blason et une couronne en forme des cinq blasons historiques des pays croates.