Au Moyen Âge, le drapeau slovaque d'origine se composait de bandes rouges et blanches (la bande rouge était généralement placée en haut). La plus ancienne trace du drapeau slovaque se trouve sur le sceau de la ville de Nitra datant de l'époque de Bela IV (1235-1270), qui représente une croix blanche sur fond rouge. La forme moderne du drapeau a été créée pendant la révolution de 1848-1849, lorsque les Slovaques se sont battus contre les Hongrois. Au départ, un drapeau rouge et blanc sans armoiries était utilisé, mais en septembre 1848, une bande bleue a été ajoutée et le drapeau est devenu rouge, bleu et blanc. Certains drapeaux portaient également les armoiries nationales hongroises, mais la couleur des couronnes était souvent changée en bleu, ce qui correspond aux couleurs modernes des armoiries slovaques. L'utilisation des armoiries hongroises témoigne de la volonté des Slovaques de faire reconnaître leur nation au sein de la Hongrie. L'ordre des bandes est resté le même jusqu'en 1868, et ce drapeau a été activement utilisé par les associations slovaques aux États-Unis.

Après la création de la Tchécoslovaquie en 1920, un nouveau drapeau a été créé, composé du drapeau tchèque standard blanc et rouge avec un triangle bleu. Selon la loi, la République tchèque moderne utilise ce drapeau, bien que cela soit contraire à la loi de 1992 sur la partition de la Tchécoslovaquie, qui interdit l'utilisation des symboles tchécoslovaques par les États successeurs.
Cependant, les Slovaques ont également utilisé leur drapeau à trois bandes après 1918, et en 1919, l'utilisation de ce drapeau a été officiellement autorisée en Tchécoslovaquie. Après que la Slovaquie a déclaré son autonomie en 1938, ce drapeau à trois bandes est devenu officiel. En même temps, les Slovaques ont temporairement utilisé un drapeau avec une double croix rouge dans un cercle blanc sur fond bleu comme symbole de la lutte pour l'autonomie et la souveraineté.

La Première République slovaque a utilisé le drapeau national moderne sans les armoiries slovaques entre 1939 et 1945. Les armoiries ont été ajoutées au drapeau pour la première fois en 1991 afin d'éviter toute confusion avec les drapeaux de la Russie et de la Slovénie. Cependant, en raison des problèmes politiques existants, le nouveau drapeau avec les armoiries n'a été introduit qu'en 1992. Certains détails de la forme du drapeau national slovaque n'ont été déterminés que par la loi de l'Assemblée nationale de la République slovaque du 18 février 1993. Selon cette loi, la hauteur de l'écu avec les armoiries est égale à la moitié de la largeur du drapeau, et l'écu est entouré d'une bande blanche dont la largeur est égale à un centième de la largeur de l'écu.