Le 7 avril 1848, un groupe d'étudiants dirigé par le poète et activiste nationaliste libéral Lovro Toman a hissé le premier drapeau slovène à Ljubljana. Les autorités autrichiennes l'ont adopté comme drapeau officiel de la Carniole, malgré la forte opposition de l'Allemagne. Le gouvernement autrichien supprimait généralement les emblèmes non allemands dans l'ensemble de l'empire, mais cette reconnaissance régionale constituait une exception.
Craignant que les drapeaux de plus de trois couleurs ne provoquent un soulèvement, le gouvernement central autrichien a ordonné que les drapeaux régionaux et le drapeau de l'empire soient limités à deux couleurs chacun. Le peuple slovène fut donc très heureux lorsque le tricolore carniolien - blanc, bleu et rouge - fut officiellement adopté comme symbole de la Slovénie unie. Au cours de la seconde moitié du XIXe siècle, le tricolore slovène a supplanté en importance tous les autres symboles nationaux.

Même après l'intégration de la Slovénie à la Yougoslavie avec un drapeau dont la partie supérieure est bleue, le drapeau aux couleurs vives était encore facilement reconnaissable. Bien qu'il ait été interdit et que ses utilisateurs aient été punis par le gouvernement fasciste, il a été utilisé par les Slovènes de la Marche julienne, qui ont été conquis par l'Italie dans l'entre-deux-guerres. Les armoiries de la Slovénie, dessinées par Marko Poganik, ont été officiellement adoptées après que le pays a déclaré sa liberté vis-à-vis de la Yougoslavie. Le 27 juin 1991, après de nombreux mois de discussions sur les armoiries de la nouvelle république, le drapeau a été choisi.