Après la déclaration d'indépendance du Guatemala le 15 septembre 1821, l'assemblée provinciale convoquée par le gouvernement le 10 mai 1823 décida d'adopter temporairement un drapeau blanc avec une étoile rouge au centre.
Le 21 août 1823, l'Assemblée nationale constituante des Provinces unies d'Amérique centrale accorde un drapeau au nouvel État. Le drapeau se compose de trois bandes horizontales, bleues en haut et en bas et blanches au centre, sur lesquelles sont représentées les armoiries. Lorsque le Costa Rica a rejoint la République centraméricaine le 6 mars 1824, il a adopté ce drapeau.

Le 2 novembre 1824, le drapeau des Provinces unies d'Amérique centrale a été approuvé, composé de trois bandes horizontales : bleu, blanc et bleu, avec les armoiries des Provinces unies au centre de la bande blanche et les armoiries de l'État du Costa Rica dans la bande bleue inférieure.
En 1840, le drapeau national est revenu à un seul blason au centre, mais l'ordre des bandes a changé. Désormais, la bande bleue est au centre et les deux bandes blanches vont de haut en bas. Cette version du drapeau n'a été utilisée que pendant deux ans, jusqu'en 1842.
Le drapeau tricolore actuel et le motif central des armoiries sont apparus sous le règne du Dr Jose Maria Castro en 1848.

Le drapeau était une bannière tricolore composée de cinq bandes placées horizontalement dans l'ordre suivant : une bande rouge, deux fois plus large que les autres, au centre, entre deux bandes blanches, chacune suivie d'une bande bleue. Les armoiries de la République sont brodées au centre de la bande rouge.
Le concept et le dessin du drapeau actuel, qui est utilisé depuis cette année, ont été développés par Mme Pacifica Fernández Orimuno, épouse du chef de l'État de l'époque, le Dr José María Castro Madríz, et ont été inspirés par le drapeau de la France.