En 1857, les États-Unis ont annexé l'île de Navassa en vertu du Guano Act, qui permettait aux citoyens américains d'occuper des îles inhabitées riches en guano, un engrais précieux. Par la suite, l'île a été administrée par les États-Unis et, par conséquent, le drapeau américain officiel y a été utilisé. Cependant, Haïti revendique également l'île sur la base de revendications historiques, mais ce différend n'a pas donné lieu à la création d'un drapeau distinct pour Navassa.
Aujourd'hui, l'île de Navassa fait partie du US National Wildlife Refuge et est gérée par le US Fish and Wildlife Service. À ce titre, l'île utilise le drapeau officiel des États-Unis et le drapeau de ce service, qui représente la gestion et la protection des ressources naturelles. Cette situation souligne les particularités de la gestion politique et administrative de l'île, ainsi que son importance en tant que réserve naturelle.