Avant l'arrivée des Européens sur les îles Samoa, les tribus locales n'utilisaient pas de drapeaux au sens moderne du terme, et leur identité s'exprimait par des symboles culturels et spirituels, notamment des totems et des rituels tribaux. La première découverte européenne des îles Samoa a eu lieu en 1722, lorsque l'explorateur néerlandais Jacob Roggeveen a exploré la région pour la première fois. Depuis lors, la région a été progressivement intégrée à la sphère d'influence européenne. Au cours du XIXe siècle, les drapeaux des puissances coloniales européennes pouvaient être hissés dans différentes parties de l'archipel. Les Samoa américaines, en tant que territoire, sont officiellement passées sous le contrôle des États-Unis le 17 avril 1900. Depuis leur adhésion aux États-Unis, les Samoa américaines se sont intégrées plus étroitement au système politique et économique de ce pays, tout en conservant une grande partie de leur identité culturelle. Pendant soixante ans, seul le drapeau américain a été utilisé sur le territoire, jusqu'à ce qu'il soit décidé de créer un drapeau propre à l'identité locale.

Le drapeau actuel des Samoa américaines a été officiellement adopté le 27 avril 1960. Il a été conçu avec la coopération des dirigeants locaux et de l'Institut héraldique de l'armée américaine. Cela a permis d'assurer un équilibre entre les traditions locales et les symboles américains. Le drapeau des Samoa américaines a été classé 17e dans le classement des meilleurs drapeaux par l'Association nord-américaine de vexillologie, sur 51 drapeaux. Cela indique qu'il est unique et très apprécié d'un point de vue esthétique. L'aigle sur le drapeau symbolise la protection des États-Unis, tandis que les objets traditionnels samoans symbolisent le pouvoir et la sagesse des dirigeants locaux. Toutefois, officiellement, le jour du drapeau est célébré chaque année le 17 avril, en l'honneur de la première levée du drapeau américain sur l'île. Ainsi, en 2024, les Samoa américaines fêteront le 124e anniversaire du drapeau.