Au 13e siècle, l'Égypte était gouvernée par le sultanat mamelouk, un État créé par des guerriers esclaves qui devinrent l'élite. Les Mamelouks n'avaient pas de drapeau officiel au sens moderne du terme, mais utilisaient des bannières qui reflétaient leur pouvoir et leur lien avec l'islam. Le plus courant était un drapeau jaune avec un croissant blanc, parfois avec des inscriptions arabes ou des motifs géométriques. La couleur jaune symbolisait le pouvoir et la richesse, et le croissant l'islam et la foi. Ces drapeaux flottaient au-dessus du Caire et des champs de bataille où les Mamelouks affrontaient les Croisés et les Mongols.

En 1517, l'Empire ottoman a vaincu le sultanat mamelouk et l'Égypte est devenue sa province. Les drapeaux de l'Empire ottoman en Égypte étaient à dominante rouge avec un croissant de lune blanc et une étoile (semblable au drapeau moderne de la Turquie). Cette conception reflétait la tradition ottomane : la couleur rouge représentait le pouvoir du sultan, tandis que le croissant et l'étoile représentaient l'islam et l'unité de l'empire. Pour les Égyptiens, ce drapeau était un signe de puissance, mais aussi de protection. Les sultans ottomans contrôlaient La Mecque et Médine, ce qui ajoutait une signification religieuse au drapeau. Néanmoins, la population locale rêvait d'avoir son propre drapeau, qui parlerait de l'Égypte et non de la lointaine Istanbul.
En 1805, Muhammad Ali, un officier albanais de l'armée ottomane, a pris le pouvoir en Égypte en battant les Mamelouks et les rivaux ottomans. Il a fondé une dynastie qui a régné sur le pays jusqu'en 1953 et a introduit un nouveau drapeau, qui a constitué le premier pas vers l'identité égyptienne. Le drapeau était rouge avec un croissant blanc et une étoile blanche au centre. Ce dessin était très proche du drapeau de l'Empire ottoman, l'Égypte étant restée une province de l'Empire ottoman. La couleur rouge symbolisait la force et la lutte, le croissant l'islam et le pouvoir, et l'étoile l'espoir d'un grand avenir.
En 1867, le sultan ottoman a officiellement reconnu le titre de khédive à Ismail Pacha, petit-fils de Muhammad Ali, ce qui a marqué le début du khédive égyptien, une période d'autonomie florissante au sein de l'empire. Le nouveau drapeau conserve le fond rouge et un croissant blanc, mais au lieu d'une étoile, il comporte trois étoiles blanches à cinq branches disposées en triangle. Ismaïl Pacha, surnommé « Ismaïl le Magnifique », a fait du Caire le « Paris du Nil », a construit le canal de Suez (1869) et a étendu son influence à l'Afrique de l'Est. Le drapeau flottait sur ces réalisations, mais après l'occupation britannique de 1882, provoquée par le soulèvement d'Urabi Pacha, l'Union Jack apparaissait souvent à côté.

En 1914, lorsque l'Empire ottoman est entré dans la Première Guerre mondiale, la Grande-Bretagne a déclaré que l'Égypte était son protectorat, abolissant ainsi la suzeraineté ottomane. Le khédive est transformé en sultanat égyptien et le khédive Abbas II est remplacé par le sultan Hussein Kamel. Le nouveau drapeau conserve le fond rouge mais reçoit trois croissants blancs et trois étoiles blanches à cinq branches. Les trois croissants symbolisent l'Égypte, le Soudan et la Nubie, les territoires sous le contrôle du sultan. Les étoiles représentent l'espoir d'indépendance et l'unité des trois religions : musulmans, chrétiens et juifs. Ce drapeau est un compromis : les Britanniques autorisent la préservation de la couleur locale, mais maintiennent l'Égypte sous contrôle.
En 1922, la Grande-Bretagne reconnaît l'indépendance de l'Égypte et le roi Fouad Ier approuve un nouveau drapeau : vert avec un croissant blanc et trois étoiles blanches. La couleur verte, comme les rives du Nil, symbolise la fertilité et l'islam, tandis que les trois étoiles représentent l'Égypte, la Nubie et le Soudan, soit trois communautés religieuses : les musulmans, les chrétiens et les juifs. Le croissant reste un signe de foi et d'héritage. Ce drapeau flotte sur un pays qui tente de devenir véritablement libre, même si les troupes britanniques sont toujours présentes dans le canal de Suez. C'est un symbole d'espoir, mais aussi un rappel que le chemin vers la pleine indépendance est encore long.

Le 23 juillet 1952, le mouvement des officiers libres, dirigé par Gamal Abdel Nasser, organise un coup d'État qui renverse le roi Farouk Ier. La révolution met fin à la monarchie et l'Égypte devient une république le 18 juin 1953. Cette période est marquée par la lutte contre l'influence britannique, la nationalisation du canal de Suez en 1956 et le début du nationalisme arabe. Le nouveau drapeau, connu sous le nom de drapeau de la libération arabe, se compose de trois bandes horizontales - rouge, blanche et noire - avec l'aigle doré de Saladin au centre de la bande blanche. La couleur rouge représentait le sang versé dans la lutte contre les Britanniques, la couleur blanche représentait la pureté des cœurs et la nature pacifique de la révolution, et la couleur noire représentait la période sombre de l'oppression coloniale. L'aigle de Saladin, tenant un bouclier avec le nom du pays, symbolise la force, la fierté et l'héritage de Saladin, qui a résisté aux envahisseurs étrangers.
Le 1er février 1958, l'Égypte et la Syrie se sont unies pour former la République arabe unie (RAU), proclamant une union politique qui devait être le premier pas vers une unité arabe plus large. Cette période, dirigée par le président Gamal Abdel Nasser, a été marquée par des idées panarabes, la nationalisation du canal de Suez et des tentatives de résistance à l'influence occidentale. L'union s'est effondrée le 28 septembre 1961 à la suite d'un coup d'État militaire en Syrie, mais l'Égypte a conservé le nom de la RAU et ses symboles jusqu'au 1er janvier 1972. En 1963, des négociations ont également eu lieu en vue d'une éventuelle adhésion de l'Irak, mais elles n'ont pas abouti. Le drapeau de l'ASK, officiellement approuvé le 8 avril 1958 par la loi n° 12, se compose de trois bandes horizontales : rouge en haut, blanche au milieu et noire en bas. Au centre de la bande blanche se trouvaient deux étoiles vertes à cinq branches. Le drapeau de la RAU est d'ailleurs identique au drapeau moderne de la Syrie. Ces couleurs sont dérivées du drapeau de la libération arabe, introduit après la révolution de 1952. Les deux étoiles vertes représentaient l'Égypte et la Syrie, soulignant leur unité dans la lutte pour un objectif commun.

Le 1er janvier 1972, l'Égypte, la Syrie et la Libye ont créé la Fédération des républiques arabes (FAR) dans le but d'approfondir la coopération arabe après l'échec de l'OUA. Cette fédération, initiée par le dirigeant libyen Mouammar Kadhafi et soutenue par l'Égypte et la Syrie, était une tentative d'unir les efforts des trois pays, mais elle est restée plus symbolique que pratique. En 1973, l'Égypte et la Libye ont tenté de créer une alliance plus étroite au sein d'une fédération, mais les projets ont échoué. En 1976, l'Égypte et la Syrie ont également envisagé d'approfondir leur coopération et, en 1977, le Soudan a manifesté son intérêt pour une adhésion, mais ces initiatives ne se sont pas concrétisées. La fédération a été officiellement dissoute le 19 novembre 1977 lorsque la Libye s'est retirée à la suite de conflits avec l'Égypte, mais l'Égypte a continué à utiliser le drapeau jusqu'en 1984. Le drapeau du FJP conserve le tricolore rouge, blanc et noir, mais à la place des étoiles, un faucon doré de Quraysh, également connu sous le nom d'aigle de Saladin, apparaît au centre de la bande blanche. L'Égypte a ajouté l'inscription « République arabe d'Égypte » en arabe sous le faucon, ce qui distinguait sa version des versions syrienne et libyenne. Ce drapeau a été utilisé jusqu'au 4 octobre 1984, date à laquelle l'Égypte a adopté la version moderne.