Le drapeau de l'Empire ottoman, un champ rouge avec une faucille et une étoile blanches (le drapeau actuel de la Turquie), est resté le drapeau de la Syrie de 1844 jusqu'à ce que les dernières troupes ottomanes quittent Damas le 30 septembre 1918.
Le drapeau Faisali est le drapeau de la Grande Révolte Arabe (1916-1918). Il a été adopté comme drapeau officiel de la Syrie par la famille royale hachémite. Il est devenu officiel le 30 septembre 1918 et l'est resté jusqu'au 8 mars 1920, date à laquelle Fayçal Ier est devenu roi de Syrie et où l'indépendance du pays par rapport à l'Empire ottoman a été officiellement proclamée.
Le deuxième drapeau de Fayçal est resté officiel du 8 mars 1920 jusqu'à ce que le règne de Fayçal soit renversé le 24 juillet 1920 et remplacé par le régime du Mandat français. Plus tard, il a été adopté comme drapeau officiel de la Jordanie avec un changement de couleurs.
Le drapeau du Royaume de la République arabe syrienne a cessé d'exister lorsque l'avant-garde des troupes de Gouraud est entrée dans le pays le 24 juillet 1920, après la victoire de ce dernier à la bataille de Maysalun. Le drapeau est aboli et un nouveau drapeau est proclamé, de couleur bleue, avec un croissant blanc au centre et un drapeau français miniature dans le coin supérieur. Après l'entrée des Français dans le pays, ils publient une série de décrets qui seront plus tard connus sous le nom de décrets de partition. Ces décrets ont été publiés par le commandant des armées françaises en Orient, Henri Gouraud, entre août 1920 et mars 1921, ordonnant la division du pays sous le prétexte d'un manque d'harmonie entre les peuples.

Le drapeau syrien adopté le 1er janvier 1932 a été le plus long à exister avant l'union de la Syrie et de l'Égypte en 1958. Lorsque la séparation a eu lieu, ce drapeau est officiellement revenu pour une courte période avant l'arrivée au pouvoir du parti Baas le 8 mars 1963, l'âge officiel du drapeau étant de 27 ans. Ce drapeau a été baptisé « drapeau de l'indépendance », car il symbolisait la libération de la Syrie du mandat français le 17 avril 1946. Le drapeau avait l'aspect suivant : sa longueur était deux fois supérieure à sa largeur et il était divisé en trois bandes parallèles de couleur verte, blanche et noire, la partie blanche contenant trois étoiles rouges à cinq branches.

Le drapeau de l'indépendance a été remplacé en avril 1958, en complément des lois qui prévoyaient le design du drapeau syrien à l'époque, afin de créer une identité arabe plus forte. Le nouveau drapeau reprenait les couleurs rouge, blanc et noir des couleurs de l'unité arabe, et la couleur des étoiles sur le drapeau a été remplacée par le rouge au vert en l'honneur de l'unité syro-égyptienne, les deux étoiles symbolisant à la fois la Syrie et l'Égypte.
En 1963, les gouvernements baasistes de Syrie et d'Irak ont tenté de créer une alliance entre la Syrie, l'Égypte et l'Irak, mais ces tentatives ont échoué. Cependant, la Syrie et l'Irak ont adopté un nouveau drapeau pour symboliser l'unité. Ce drapeau est identique à celui de la République arabe unie, à l'exception du nombre d'étoiles qui passe de deux à trois. Les trois étoiles symbolisent l'unité de l'Égypte, de la Syrie et de l'Irak, ainsi que les objectifs du parti Baas socialiste arabe : l'unité, la liberté et le socialisme. En 1972, la Syrie a rejoint l'Union des républiques arabes avec l'Égypte et la Libye, et a adopté un nouveau drapeau qui remplace les étoiles par un aigle symbolisant la tribu du prophète Mahomet, les Quraysh. L'Union a été dissoute en 1977, et la Syrie a continué à utiliser le drapeau de l'Union jusqu'en 1980, date à laquelle il a été supprimé et remplacé par l'ancien drapeau à deux étoiles, qui avait été utilisé de 1958 à 1961 pour montrer son attachement à l'unité arabe.
En novembre-décembre 2024, la République arabe syrienne a connu une transformation politique dramatique qui a directement conduit au remplacement du drapeau national. Le 27 novembre 2024, une coalition de forces d'opposition menée par Hayat Tahrir al-Sham (HTS) a lancé une offensive éclair contre le régime de Bachar al-Assad, qui n'a duré que 11 jours et s'est soldée par la prise de villes clés, dont Damas, le 8 décembre. Le même jour, l'armée syrienne a reconnu la destitution du président, et Assad s'est enfui avec sa famille à Moscou, où il a obtenu l'asile politique de la Russie. Cet événement a mis fin à 53 ans de règne de la famille Assad et à près de six décennies de domination baasiste, accompagnées d'une guerre civile depuis 2011. Immédiatement après, le drapeau de l'opposition — un tricolore vert, blanc et noir avec trois étoiles rouges — a été hissé au-dessus des institutions publiques en Syrie et des ambassades à l'étranger (notamment à Moscou, Athènes et Madrid), où des milliers de Syriens ont célébré la fin de la dictature en brûlant ou en piétinant l'ancien drapeau baasiste. Ce drapeau est devenu de facto le symbole national dès décembre 2024, avant d'être officiellement adopté en mars 2025.

Le retour aux « drapeaux de l'indépendance » (modèles de 1932 à 1958) avait une profonde signification symbolique et politique : il incarnait la rupture avec le régime d'Assad, dont les attributs étaient associés à la répression, à l'alliance avec l'Égypte et au baasisme panarabe. L'opposition avait choisi cette option dès 2011 comme emblème de la révolution afin de souligner son aspiration à la liberté, à la démocratie et à l'unité de la nation, s'opposant ainsi à la propagande du régime qui l'accusait de colonialisme. Les trois étoiles rouges sur la bande blanche représentent l'unité historique des trois régions clés de la Syrie — Alep, Damas et Deir ez-Zor — ou les trois soulèvements anticolonialistes contre le mandat français (Ibrahim Hananu au nord, Sultan al-Atrash dans les montagnes de Druze et Salih al-Ali dans la région alaouite). Les couleurs font référence à l'histoire islamique : le vert au califat de Rashidun (espoir et fertilité), le blanc aux Omeyyades (paix et pureté), le noir aux Abbassides (lutte contre l'oppression). Ainsi, la nouvelle symbolique souligne le retour aux sources de l'indépendance syrienne vis-à-vis de la France en 1946, promettant un « nouveau départ » après des décennies d'autoritarisme.