Avant les années 1820, date du début de la colonisation ottomane et égyptienne, le territoire du Soudan moderne était constitué de divers royaumes, sultanats et tribus, tels que Kush, Meroe, Nobatia, Makuria, Alodia, le sultanat de Funj et le sultanat du Darfour. Les drapeaux au sens moderne du terme (symboles étatiques normalisés) n'existaient pas en raison de l'absence d'un État unique. A la place, des bannières, des emblèmes religieux et des tissus colorés étaient utilisés pour indiquer l'autorité, la religion ou l'affiliation militaire. Les informations officielles sont limitées en raison du manque de sources archéologiques et écrites.
Au début des années 1820, Muhammad Ali, le gouverneur ottoman de l'Égypte, a envoyé des troupes au sud pour conquérir les tribus dispersées du Soudan. En 1824, ils s'étaient emparés du Kordofan, du Sennar et de la vallée du Nil, créant ainsi le Soudan turco-égyptien. Le drapeau rouge de l'Empire ottoman flotte sur ces terres - un tissu entièrement rouge avec un croissant de lune blanc et une étoile à cinq branches au centre. Ce drapeau, connu sous le nom de drapeau militaire ottoman, symbolisait le pouvoir du sultan à Istanbul, mais pour les Soudanais, c'était un signe d'étrangers qui apportaient des taxes et du travail forcé. En 1867, l'Égypte a obtenu une autonomie partielle et Muhammad Ali a introduit son propre drapeau, également rouge, mais avec trois croissants blancs, chacun avec une étoile à cinq branches, représentant l'Égypte, la Nubie et le Soudan. Ce drapeau flotte sur Khartoum et Dongola, mais sa signification reste éloignée des traditions locales, ne reflétant que les ambitions du Caire.
Mais en 1881, une étincelle de résistance éclate. Muhammad Ahmad, se proclamant Mahdi, mène une révolution contre l'oppression turco-égyptienne. Ses partisans, les mahdistes, chassent les garnisons égyptiennes et créent un État théocratique. Les drapeaux mahdistes n'ont pas un dessin unique, mais le plus célèbre est la bannière noire présentée au calife Abdullah ibn Muhammad pour recruter des soldats parmi les tribus de Baghdara. Ce drapeau, entièrement noir, représentait la pureté religieuse et la lutte pour la foi, rappelant aux Soudanais leur force. D'autres bannières étaient blanches avec des inscriptions arabes, souvent les noms de Dieu ou du Mahdi, encadrées de bandes rouges ou bleues. Ces bannières, brandies sur les champs de bataille du Kordofan ou d'Omdurman, ont été les premiers symboles locaux à défier les étrangers. En 1885, lorsque les mahdistes ont conquis Khartoum, les bannières noires et blanches ont remplacé les drapeaux rouges ottomans, mais cette liberté a été de courte durée.

En 1898, les troupes britannico-égyptiennes commandées par Horace Kitchener ont vaincu les mahdistes lors de la bataille d'Omdurman. Le 19 janvier 1899, le condominium anglo-égyptien, un régime commun à la Grande-Bretagne et à l'Égypte, est officiellement proclamé. Le Soudan perd son propre drapeau et deux drapeaux étrangers flottent au-dessus de lui. L'Union Jack britannique, un tissu bleu portant les croix rouge et blanche de l'Angleterre, de l'Écosse et de l'Irlande, symbolise la puissance impériale de Londres. Le drapeau égyptien change : jusqu'en 1914, il est rouge avec un croissant blanc et une étoile ; de 1914 à 1923, il est rouge avec trois croissants et trois étoiles ; et après 1923, il est vert avec un croissant blanc et trois étoiles, représentant l'Égypte, la Nubie et le Soudan. En 1900, le gouverneur du Soudan reçoit son propre drapeau, l'Union Jack, au centre duquel se trouve un disque blanc portant l'inscription dorée « GOVERNOR GENERAL OF THE SUDAN », encadrée d'une couronne de laurier verte.

En 1924, la Ligue du drapeau blanc, mouvement dirigé par Ali Abdel Latif, défie les colonisateurs. Un drapeau blanc portant les lettres rouges « SOUDAN » flotte dans les rues de Khartoum et d'Omdurman. Simple mais puissant, il devient le premier véritable symbole de l'unité soudanaise. Les Britanniques ont durement réprimé les manifestations, mais ce drapeau est resté à jamais gravé dans la mémoire des gens, les incitant à se battre. En 1953, alors que le Soudan était déjà sur le point d'accéder à l'indépendance, le même drapeau blanc portant l'inscription « SOUDAN » a fièrement représenté le pays lors de la conférence afro-asiatique de Bandung, qui s'est tenue du 18 au 24 avril 1955.

Le 1er janvier 1956, le Soudan devient enfin libre. Khartoum remplace l'Union Jack britannique et le drapeau vert égyptien par le premier drapeau national. Trois larges bandes - bleue, jaune et verte - s'étendent sur la toile dans un rapport de 1:2. Ce drapeau, conçu par le poète Maki Sufi, a été pensé dans les moindres détails pour unir le peuple coloré du Soudan. La couleur bleue nous a rappelé le Nil, un fleuve qui relie le nord et le sud comme une artère vivante. Le jaune reflétait le désert du Sahara, au nord, et la résilience des populations qui vivent dans son étreinte rude. Le vert évoque les terres fertiles où poussent le coton et le sorgho, et porte en lui l'espoir de la prospérité. Le drapeau a été délibérément rendu neutre, sans symboles religieux ou tribaux, afin que personne - ni le nord musulman, ni le sud chrétien, ni les nombreuses tribus - ne se sente étranger. Il a été hissé pour la première fois au-dessus du Parlement à Khartoum le 31 décembre 1955, par décision de la Chambre des représentants, présidée par Mubarak Zarroug. Ce drapeau a flotté comme signe d'unité jusqu'en 1970. Mais la paix était fragile : la guerre civile entre le nord et le sud, qui a éclaté en 1955, a jeté une ombre sur le drapeau. Pour de nombreux habitants du sud, il est encore associé à l'influence arabe.
Le 25 mai 1969, un coup d'État militaire mené par Haafar Nimeir change le destin du Soudan. Le pays devient la République démocratique du Soudan et le nouveau gouvernement cherche à refléter son idéologie - le nationalisme arabe et le socialisme - dans les symboles de l'État. Un concours pour un nouveau drapeau a été lancé et, le 20 mai 1970, le pays a reçu le drapeau qui flotte aujourd'hui. Le drapeau, conçu par l'artiste Abdel Rahman Ahmed al-Jali, se compose de trois bandes horizontales - rouge, blanche et noire - avec un triangle vert partant du bord gauche près de la hampe. Le rapport largeur/longueur est resté de 1:2, mais le dessin s'est inspiré du drapeau égyptien de libération arabe de 1952. Ses couleurs panafricaines soulignaient l'identité arabe, ce qui n'a pas toujours trouvé d'écho auprès des groupes non arabes, en particulier dans le sud. Pendant la deuxième guerre civile (1983-2005), les rebelles du sud, dont le Mouvement populaire de libération du Soudan, ont utilisé leurs propres bannières, rejetant le drapeau national comme symbole de la domination du nord. Après la signature de l'accord de paix global en 2005, le Sud-Soudan a obtenu son autonomie et son indépendance en 2011, choisissant son propre drapeau avec des bandes noires, rouges et vertes, des insertions blanches, un triangle bleu et une étoile dorée. Le drapeau soudanais, quant à lui, est resté inchangé, flottant sur Khartoum même en période de bouleversements - les manifestations de 2018-2019 qui ont chassé Omar al-Bashir et la guerre civile qui a débuté en 2023. Il est intéressant de noter que lors des manifestations de 2018-2019, certains manifestants ont brandi l'ancien drapeau bleu, jaune et vert de 1956, le considérant comme un symbole de neutralité et d'unité perdu dans le design moderne.