Les caractéristiques du drapeau palestinien ont commencé à se dessiner pendant le grand soulèvement arabe de 1916. Le drapeau était noir, vert et blanc avec un triangle rouge. Le noir symbolisait l'aigle, le vert l'Agl al-Bayt (la famille du prophète Mahomet) et le blanc les Arabes. La couleur rouge symbolisait la dynastie hachémite. Après le succès du soulèvement, ce drapeau est devenu celui de l'État arabe nouvellement créé, qui comprenait le Hedjaz, la Syrie et le Liban. À Damas, le drapeau a été hissé sur l'hôtel de ville le 30 septembre 1918, en remplacement du drapeau ottoman.
Les Palestiniens ont utilisé le drapeau arabe comme symbole du premier mouvement de libération nationaliste arabe, bien que la Grande-Bretagne n'ait pas autorisé son déploiement. Ils l'ont hissé lors de célébrations religieuses et de rassemblements nationaux. Les autorités britanniques les en empêchèrent et firent même usage de la force pour le retirer aux participants des célébrations. Les manifestants qui tentaient de hisser le drapeau arabe étaient abattus, et les participants au deuil des martyrs utilisaient les drapeaux des pays arabes pour éviter les problèmes avec les autorités du mandat. Ces mesures ont empêché les Palestiniens d'utiliser leur propre drapeau.
Après la création de l'État d'Israël en 1948, le drapeau arabe a été remplacé par le drapeau jordanien dans toute la Cisjordanie et la bande de Gaza, qui appartenaient à l'Égypte. Cependant, le 22 septembre 1948, la création du gouvernement entièrement palestinien a été annoncée et il a été décidé d'adopter le drapeau arabe comme drapeau de la Palestine. Cependant, après l'annexion de Gaza par l'Égypte, le drapeau égyptien a été hissé. Par la suite, il a été autorisé de hisser le drapeau palestinien aux côtés du drapeau égyptien lors des cérémonies et des festivals nationaux. En 1958, un comité a été formé pour étudier le drapeau palestinien, sur lequel les couleurs ont été placées dans l'ordre suivant : noir, blanc, vert et rouge. Bien que la Ligue arabe ait reconnu un gouvernement entièrement palestinien, le drapeau palestinien n'a pas été affiché aux côtés des drapeaux des pays arabes. Il apparaît dans les publications et les éditions sous la forme d'un drapeau blanc avec l'inscription "Palestine" en rouge.
L'Organisation de libération de la Palestine, fondée en 1964, a adopté le drapeau palestinien, qui comporte des bandes horizontales : la bande supérieure est noire, la bande centrale est blanche et la bande inférieure est verte avec un triangle rouge. Le drapeau peut être hissé sur les positions de l'organisation, les centres militaires et les camps, ainsi que lors des fêtes nationales et des célébrations.
Après la défaite de la guerre des six jours en 1967, le peuple palestinien a eu la possibilité de mener une guérilla contre Israël. Cela a obligé l'Organisation de libération de la Palestine à se libérer de l'hégémonie arabe et à renforcer la position du drapeau palestinien.
Le 15 novembre 1988, le drapeau palestinien est devenu le symbole de l'État palestinien, proclamé unilatéralement par Yasser Arafat.