Au cours des premières dynasties, de 788 à 1549, le Maroc a été façonné par les tribus berbères et les souverains musulmans. Les Idrissides, qui ont régné de 788 à 974, utilisaient de simples drapeaux blancs pour symboliser la pureté de la foi, la paix et la spiritualité. Ces bannières contenaient probablement des inscriptions tirées du Coran, telles que « Il n'y a pas d'autre dieu qu'Allah », qui soulignaient la légitimité religieuse de la dynastie, considérée comme descendant du prophète Mahomet par l'intermédiaire d'Idris Ier. Les Almoravides, arrivés au pouvoir en 1040, ont développé cette tradition en utilisant des drapeaux blancs avec des inscriptions telles que « Il n'y a pas d'autre dieu qu'Allah et Mahomet est son prophète » pour les unités militaires de 100 soldats. La couleur blanche représentait la rigueur spirituelle, tandis que les drapeaux noirs individuels pouvaient symboliser la lutte contre la « mécréance », reflétant ainsi le lien avec le califat abbasside de Bagdad. Les Almohades, qui ont régné de 1121 à 1269, utilisaient des drapeaux blancs avec des citations du Coran, telles que « Votre Dieu est le seul Dieu » (Coran 2:163), soulignant le monothéisme et la réforme religieuse. Certaines sources mentionnent des drapeaux à damier rouge, noir et blanc de tribus ou d'unités militaires individuelles, mais le blanc est resté la couleur dominante de l'État. Les Mérinides (1244-1465) et les Vattasides (1472-1549) ont conservé des drapeaux blancs portant des inscriptions symbolisant la pureté et le pouvoir, qui flottaient au-dessus de Fès, la capitale des Mérinides, et étaient utilisés dans les batailles contre les forces chrétiennes en Andalousie.
La dynastie des Saadins, arrivée au pouvoir en 1549, a continué à utiliser des drapeaux blancs pour souligner la dévotion religieuse et l'autorité dynastique. Des inscriptions telles que « Allah veut vous purifier, ô gens de la maison » (Coran 33:33) reflètent le lien avec le prophète Mahomet par l'intermédiaire des Sharifs, les descendants de sa famille. La couleur blanche symbolisait la paix, la force spirituelle et la pureté, ce qui était important dans la lutte contre les avant-postes portugais sur la côte, en particulier lors de la bataille d'Al-Qasr al-Kebir en 1578, où le Maroc l'a emporté. Les drapeaux sont restés simples, sans emblèmes compliqués, et ont été utilisés à la fois dans les campagnes militaires et à des fins cérémonielles, confirmant l'unité du Maroc sous l'égide des Saadiens. Ces bannières ont été déployées au-dessus de la nouvelle capitale Marrakech et lors des missions diplomatiques auprès de l'Empire ottoman.
Avec l'arrivée au pouvoir de la dynastie alaouite en 1666, le drapeau rouge est devenu le symbole national. Cette couleur représentait le courage, le sacrifice et le lien avec le prophète Mahomet à travers les descendants de sa fille Fatima et de son gendre Ali, le quatrième calife. La couleur rouge était également associée aux sharifs de La Mecque et aux imams du Yémen, ce qui conférait à la dynastie une légitimité religieuse aux yeux des musulmans. Le drapeau, un simple tissu rouge sans symboles, était hissé quotidiennement sur les forteresses de Rabat, Salé, Tanger et d'autres villes, symbolisant le pouvoir du sultan. Aux XVIIIe et XIXe siècles, la couleur rouge reflétait l'unité panarabe et la résistance aux pressions européennes, en particulier celles du Portugal, de l'Espagne et de la France. Le drapeau a été utilisé dans les relations diplomatiques, comme lors des négociations avec le Royaume-Uni, ainsi que dans les opérations navales où les navires marocains ont affronté la piraterie.

En 1912, le Maroc est placé sous protectorat français et espagnol, ce qui modifie l'utilisation des symboles nationaux, même si le drapeau rouge reste le symbole du sultanat sur terre. En 1915, le sultan Yusuf ajoute au drapeau rouge, par décret du 17 novembre, une étoile verte à cinq branches, connue sous le nom de sceau de Salomon, qui symbolise la sagesse et la protection. Pendant le protectorat (1912-1956), des restrictions coloniales ont été mises en place en mer, ce qui a conduit à l'émergence de pavillons distincts. Dans la zone française, le drapeau rouge du sultanat est utilisé avec l'ajout d'un tricolore bleu-blanc-rouge dans le canton (coin supérieur gauche), symbolisant la puissance française et le contrôle de la politique étrangère et de la défense. La zone espagnole utilisait un drapeau rouge avec un champ vert sur lequel était placée une étoile blanche à cinq branches, reflétant l'influence espagnole tout en conservant les symboles islamiques pour la population locale. De 1921 à 1926, la République du Récif, dirigée par Abd al-Kerim, opère dans le nord du Maroc, utilisant un drapeau rouge avec un losange blanc au centre, un croissant vert et une étoile à six branches. La couleur rouge représentait la résistance à la colonisation, le diamant blanc la pureté des intentions, et le croissant et l'étoile l'identité islamique et la lutte pour la liberté. Ce drapeau est devenu le symbole du mouvement anticolonialiste. Après l'accession à l'indépendance le 2 mars 1956, le drapeau rouge avec une étoile verte à cinq branches, avec des proportions de 2:3, est devenu le symbole national officiel. L'étoile occupe un tiers de la hauteur du drapeau et pointe vers le haut, symbolisant l'élévation spirituelle. Ce dessin représente le courage, la foi, l'unité et le patrimoine naturel du Maroc, et reste inchangé à ce jour.