Jusqu'à la rétrocession de Macao à la République populaire de Chine en 1999, Macao n'utilisait officiellement que le drapeau portugais, contrairement à Hong Kong, qui utilisait un drapeau bleu avec l'Union Jack et ses armoiries sous la domination britannique. En 1967, des propositions ont été faites pour donner à chaque province d'outre-mer son propre drapeau, composé du drapeau portugais et des armoiries locales, mais aucune d'entre elles n'a jamais été adoptée.

Après la période 1911-1999, au cours de laquelle le drapeau portugais actuel a été utilisé, un drapeau bleu clair avec les armoiries officielles de la colonie portugaise de Macao a été utilisé. Sous l'administration portugaise, ce drapeau représentait également le territoire de Macao dans les forums internationaux, même s'il n'était pas le drapeau officiel de la colonie portugaise.
Le drapeau vert moderne avec une fleur de lotus blanche sur cinq étoiles est officiellement utilisé depuis le 20 décembre 1999.