Tout au long de son histoire, le drapeau du Honduras a été modifié à plusieurs reprises, bien que son concept soit resté inchangé : trois bandes bleue, blanche et bleue. En 1823, le Honduras utilisait le drapeau des Provinces unies d'Amérique centrale. En 1839, le drapeau du Honduras se composait d'un tricolore sans signes ni symboles supplémentaires. Le bleu foncé de l'époque était différent du bleu moderne.

En 1866, le dessin a été modifié. Ce drapeau était très similaire au drapeau moderne, à l'exception de la disposition des étoiles - en 1866, elles étaient plus proches les unes des autres. Il existait également une autre version du drapeau où les cinq étoiles étaient disposées en demi-cercle. Ces deux versions ont existé jusqu'en 1898, date à laquelle un nouveau drapeau a été introduit, avec des étoiles jaunes au lieu de bleues.

Ce drapeau a été utilisé jusqu'en 1949, date à laquelle le drapeau actuel a été adopté. La première utilisation du drapeau moderne remonte à 1866, mais la disposition des étoiles était alors différente. Il serait donc plus logique de donner la primauté au drapeau de 1949, car il ne diffère du drapeau moderne que par la nuance de bleu, qui a été modifiée en 2022, et ce drapeau a été utilisé plus longtemps que les autres - 74 ans.