Le drapeau actuel du Salvador a été adopté par l'Assemblée nationale le 21 août 1823. Les couleurs ont été choisies par Manuel José Arce lorsqu'il était le chef de la milice salvadorienne qui luttait contre l'annexion de l'Amérique centrale au Mexique en 1822. Arce a créé le drapeau de la province du Salvador avec de la soie blanche et bleue, en s'inspirant des couleurs des héros argentins San Martin et Belgrano. Le drapeau a été consacré le 20 février 1822 et est devenu le symbole national du Salvador. Toutefois, le législateur ne l'a adopté comme symbole national que le 17 mai 1912. Le président de la République, Manuel Enrique Araujo, a hissé le drapeau pour la première fois lors d'une cérémonie solennelle à la tribune présidentielle le 15 septembre de cette année-là, en faisant officiellement le nouveau symbole national.

En 1877, le drapeau national du Salvador se composait de 5 bandes bleues et de 4 bandes blanches. Dans le coin supérieur gauche se trouvait un carré rouge avec 14 étoiles blanches symbolisant les départements du pays. Le drapeau précédent ne comportait que 9 étoiles (1865) parce qu'il n'y avait que 9 départements à l'époque, mais au fil du temps, le nombre d'étoiles a augmenté - en 1865 à 11, en 69 à 12, en 73 à 13, et enfin, de 1877 à 1912, le nombre d'étoiles est passé à 14.

Le 17 mai 1912, le drapeau a acquis un aspect moderne, mais pendant une courte période, de 1921 à 1922, le dessin du drapeau a été légèrement modifié - la couleur bleue a été remplacée par le bleu, et l'inscription "REPUBLICA FEDERAL DE CENTRO AMERICA" ("REPUBLIQUE FEDERALE DE L'AMERIQUE CENTRALE") est apparue sur les armoiries centrales. En 1922, ils sont revenus à la conception précédente, et depuis lors, le drapeau est utilisé sous cette forme.