Après avoir obtenu son indépendance de l'Espagne en 1821, le Nicaragua a fait partie de l'Empire mexicain, puis des Provinces unies d'Amérique centrale. Cependant, l'indépendance formelle du Nicaragua n'a eu lieu qu'en 1838. En 1852, le pays adopte son premier drapeau officiel, composé de trois bandes horizontales - blanche, jaune et rouge.

Au fil des ans, le Nicaragua a modifié le dessin de son drapeau. Il y a eu plusieurs variantes, notamment une bande tricolore jaune, blanche et beige et un dessin similaire avec les armoiries au centre. Cependant, en 1908, le drapeau fédéral est adopté comme drapeau national. Le drapeau de l'époque était similaire à celui de la République fédérale d'Amérique centrale et constituait un signe commun pour les pays membres.
La première utilisation du dessin moderne du drapeau nicaraguayen remonte à 1908, mais il n'a été officiellement reconnu comme drapeau national qu'en 1971. Le drapeau se compose de bandes horizontales bleues en haut et en bas, symbolisant la mer des Caraïbes et l'océan Pacifique. La bande blanche au milieu représente la paix. Sur la bande blanche se trouvent les armoiries, qui contiennent un triangle avec les mots "République du Nicaragua" et "Amérique centrale", ainsi que des images de cinq volcans symbolisant les cinq nations qui se sont unies dans le passé.