Au milieu du XIXe siècle, les Samoa ont attiré l'attention des puissances européennes qui cherchaient à étendre leur influence dans la région du Pacifique. Le drapeau utilisé aux Samoa durant cette période était un champ rouge avec un croissant blanc et une étoile, rappelant le drapeau ottoman de la même époque, bien qu'il n'y ait aucune preuve directe de l'influence de l'Empire ottoman sur les Samoa, et qu'il n'ait pas de statut officiel.

En 1873, l'Allemagne, la Grande-Bretagne et les États-Unis ont commencé à étendre activement leur influence sur les Samoa, en concluant des accords commerciaux avec les chefs locaux et en ouvrant leurs propres comptoirs. Outre les drapeaux des puissances européennes, les Samoa disposaient également de drapeaux locaux utilisés par différents chefs pour promouvoir leur affiliation à une puissance coloniale particulière.
Depuis 1875, un drapeau rouge avec une croix blanche et une étoile blanche dans le canton est utilisé. Il était reconnu par les personnes qui soutenaient Malietoa Laupepa en tant que chef suprême de Tuamasaga (un district administratif de Samoa situé dans la partie centrale de l'île d'Upolu).

Malietoa Laupepa a été proclamé roi des Samoa en 1868 sous l'influence du consul britannique et a été couronné pour la première fois en 1875. Cependant, les factions Tumua Atua et Aana (qui l'avaient pourtant soutenu auparavant) ne l'acceptèrent pas et formèrent leur propre gouvernement, dirigé par Tupua Tamasese. En 1887, les militaires allemands ont forcé Malietoa Laupepa et d'autres chefs à signer un document proclamant Tui A'ana Tupua Tamasese Titimaea roi des Samoa. Le drapeau de Tupua Tamase était un champ blanc avec une croix noire au-dessus de la croix blanche de Laupepa et une étoile blanche à cinq branches dans un canton rouge, ce qui rendait les couleurs allemandes encore plus évidentes. En 1888, une guerre civile éclate contre Tamase et ses alliés allemands, ce qui conduit à la signature de l'Acte général de Berlin du 14 juin 1889 par l'Allemagne, la Grande-Bretagne et les États-Unis, qui proclame Laupepa à nouveau roi et remet en usage son drapeau rouge et blanc.

En 1900, après la division des Samoa entre les puissances coloniales, les Samoa occidentales sont passées sous le contrôle de l'Empire allemand. Pendant cette période, un drapeau standard a été utilisé pour les possessions coloniales allemandes : le drapeau de l'Empire allemand, appelé « Reichsadler ». Ce drapeau se compose de trois bandes horizontales : noire, blanche et rouge, symbole de l'unité allemande, et d'un aigle noir au centre. L'aigle représente la grandeur et la souveraineté impériales, et la couronne sur sa tête souligne le statut de l'Allemagne en tant que puissante monarchie. L'aigle impérial a été utilisé sur le territoire des Samoa jusqu'en 1914, date à laquelle il a été occupé par les troupes néo-zélandaises.

La Nouvelle-Zélande a envahi les Samoa au début de la Première Guerre mondiale, le 29 août 1914. Jusqu'en 1920, le drapeau actuel de la Nouvelle-Zélande était utilisé - un tissu bleu avec l'Union Jack dans le canton et 4 étoiles rouges de la Croix du Sud entourées d'un contour blanc. Le 28 juin 1919, le traité de Versailles a été signé, selon lequel les anciens territoires allemands de Samoa ont été placés sous le mandat de la Société des Nations, et la Nouvelle-Zélande a officiellement pris le contrôle de notre pays le 17 décembre 1920, bien qu'elle l'ait en fait gouverné depuis 1914. En même temps, le drapeau officiel bleu avec l'image de trois palmiers dans le sable a été introduit.

Les trois cocotiers (1) pourraient indiquer la présence de la New Zealand Expeditionary Force (NZEF) à Samoa pendant la Première Guerre mondiale (1914-1918). La cocarde (2) du chapeau de la NZEF comportait trois palmiers, une couronne et une branche de fougère. Les palmiers ont été empruntés à un drapeau précédemment proposé pour les Samoa allemandes (3), qui n'a pas été adopté.

Après la Seconde Guerre mondiale, les Samoa occidentales sont devenues un territoire sous tutelle des Nations unies, puis ont été placées sous la juridiction de la Nouvelle-Zélande. En 1948, les Samoa ont adopté leur propre drapeau rouge avec quatre étoiles blanches de la constellation de la Croix du Sud dans un canton sur fond bleu, et plus tard une cinquième étoile a été ajoutée à la constellation. Les Samoa occidentales sont devenues indépendantes le 1er janvier 1962, puis ont été rebaptisées « État indépendant des Samoa ».