Les premiers Européens à découvrir les îles Mariannes du Nord sont les Espagnols. En 1521, lors du voyage autour du monde de Fernand Magellan, ces îles ont été cartographiées pour la première fois. Ce n'est qu'en 1668 que l'Espagne a établi son contrôle sur ces îles, en les colonisant et en adoptant officiellement le drapeau espagnol. Les îles ont été nommées en l'honneur de Mariana d'Autriche, la veuve du roi d'Espagne Philippe IV.

En 1899, après avoir été vaincue lors de la guerre hispano-américaine, l'Espagne a vendu les droits sur les îles Mariannes du Nord à l'Allemagne pour 4,2 millions de dollars. L'Empire allemand a établi son contrôle sur les îles en les incorporant à la Nouvelle-Guinée allemande. Le drapeau officiel était le drapeau impérial allemand.
Après la fin de la Première Guerre mondiale, conformément au traité de Versailles, la Société des Nations a transféré en 1919 les Mariannes du Nord sous le mandat du Japon. Le drapeau national japonais a été utilisé dans tous les territoires administrés par le Japon, y compris les Mariannes du Nord. Les Japonais ont activement développé l'infrastructure et l'économie de la région, en se concentrant sur la pêche et l'agriculture. Selon le recensement de 1939, 60 % de la population totale était composée de Japonais réinstallés.

Dans un premier temps, le Japon s'est concentré sur la production de sucre, c'est-à-dire la culture de la canne à sucre, mais dans les années 1940, il a construit des installations militaires et a commencé à les utiliser pour planifier l'invasion de Guam, qui faisait déjà partie des États-Unis à l'époque. Le 8 décembre 1941, le Japon a lancé son offensive et a envahi le territoire de Guam, déplaçant une partie de la population indigène des Mariannes vers Guam. En 1944, les États-Unis ont attaqué la capitale des Mariannes, Saipan, et, en moins d'un mois et demi, ont vaincu toutes les défenses japonaises, puis ont repris Guam dans le même temps. Ainsi, en un peu plus d'un mois, les États-Unis ont complètement désoccupé les territoires du Japon.
Après la défaite du Japon lors de la Seconde Guerre mondiale, les îles Mariannes du Nord ont été placées sous l'administration des États-Unis en vertu de la résolution 21 du Conseil de sécurité des Nations unies, devenant ainsi une partie du Territoire sous tutelle des îles du Pacifique. Les États-Unis étaient responsables de la défense et des relations extérieures de ces territoires. Quatre référendums sur le statut des îles ont été organisés en 1958, 1961, 1963 et 1969, au cours desquels la majorité a voté en faveur de l'intégration avec Guam, mais cela n'a jamais eu lieu car Guam a rejeté l'unification lors de son propre référendum en 1969.
En 1975, près de 80 % des insulaires ont voté en faveur du statut de Commonwealth des États-Unis et, en 1977, plus de 93 % ont soutenu la nouvelle constitution du Commonwealth des îles Mariannes du Nord (CNMI). Cette constitution est entrée partiellement en vigueur en 1978, après quoi les îles Mariannes du Nord ont été officiellement rattachées aux États-Unis le 4 novembre 1986. Le même jour, les habitants des îles sont devenus citoyens américains.