Niue a été annexée par la Grande-Bretagne le 21 avril 1900. Cela s'est produit après que le roi de Niue ait demandé à la Grande-Bretagne de le protéger et de l'annexer. L'île a tenté d'établir des relations diplomatiques extérieures car elle se sentait menacée par d'autres puissances coloniales. À cette époque, le drapeau britannique a été utilisé car l'île faisait partie de l'Empire britannique.

Par la suite, le 11 juin 1901, l'île a été rattachée à la colonie de Nouvelle-Zélande. La Grande-Bretagne a cédé la garde de l'île à la Nouvelle-Zélande, qui s'occupait déjà des îles Cook, et Niue a été annexée à ces territoires. Certaines sources indiquent que cette étape a eu lieu en 1903, mais cela peut être dû à l'achèvement officiel des formalités et des processus de transfert de Niue à la Nouvelle-Zélande. Cependant, la plupart des sources indiquent que c'est en juin 1901 que Niue a été transféré de la Grande-Bretagne à la Nouvelle-Zélande. Depuis lors, le drapeau néo-zélandais est utilisé lors des célébrations officielles et dans les institutions administratives.

Niue a obtenu le statut d'autonomie le 19 octobre 1974, à l'issue d'un processus constitutionnel organisé avec le soutien de la Nouvelle-Zélande. Un référendum a été organisé avant l'octroi de l'autonomie, au cours duquel la majorité de la population de Niue a soutenu cette mesure, bien qu'elle ait eu le choix de rester dans le giron de la Nouvelle-Zélande. Selon l'accord, Niue a reçu une pleine autonomie dans ses affaires intérieures, le droit d'avoir sa propre constitution, son propre gouvernement et sa propre législation, tout en conservant une relation spéciale avec la Nouvelle-Zélande. L'île est devenue un État librement associé à la Nouvelle-Zélande, qui est responsable de la défense et des relations internationales de Niue, tout en lui fournissant une assistance économique et technique.
Le drapeau actuel de Niue a été officiellement adopté le 15 octobre 1975, environ un an après que Niue a obtenu le statut d'autonomie en libre association avec la Nouvelle-Zélande. Le drapeau a été dessiné par Patricia Rex, épouse du premier Premier ministre de Niue, Sir Robert Rex. Le drapeau comprend l'Union Jack, qui symbolise les liens historiques de Niue avec le Royaume-Uni. Les quatre petites étoiles qui entourent l'Union Jack représentent les relations étroites de Niue avec la Nouvelle-Zélande, et la grande étoile au centre symbolise le statut d'autonomie de Niue dans le Pacifique.